EC-CUBEとの連携については、以下の方法がございます。

1) EC-CUBEオーナーズストアに掲載の自動連携アプリを利用する方法
　⇒詳しくはこちらをご覧ください。※2.13系のみ
2) CSV手動連携

また、EC-CUBEとのオプトアウト連携タイミングは以下の通りです。
・オプトアウトリンクから、オプトアウトされた場合
・管理画面からオプトアウトした場合

連携単位は、1分単位で行っているため、通常EC-CUBE側にもデータ反映されます。
一方で、プラグイン上の動作となるため、以下の場合には正しく反映できない場合があります。
・サーバメンテナンス中
・ネットワーク遮断が発生した際

MakeRepeater利用の際、MakeRepeater側でオプトアウトされた情報の上書きはできませんので、オプトアウト顧客である「メール配信不可顧客」をメール設定画面にてセグメントしない限り、そのような顧客にメール送信されることはありません。
なお、もし他のシステム等でMakeRepeaterのオプトアウト情報を利用されたい場合には、
MakeRepeaterからのCSV出力機能をご活用ください。